Berdirinya MI AN NUR dilatar belakangi dengan bertambah banyaknya santri yang mondok usia sekolah dasar di Pondok Pesantren AN NUR II Al Murtadlo, yang kemudian sebagian besar bersekolah di luar lembaga pondok. Jika ditinjau dari lokasi berada dekat dengan jalan raya yang kerap sekali dipakai lalu lalang kendaraan. Dengan adanya hal ini, timbul kekhawatiran bagi pengasuh, kemudian untuk mengatasi masalah tersebut didirikanlah madrasah sendiri yang berada didalam lokasi Pondok Pesantren. Dan akhirnya pada tahun 1995 madrasah tersebut direalisasikan.